日军登陆台湾后,即分三路进攻牡丹社。进攻之初,由于双方实力相差悬殊,日军一时甚为得手,但在深入丛林障地后,因为山径深险异常,溽暑难当,其行动开始受到阻碍。牡丹社族人虽没有先进火器,但他们有自己的优势,在丛林密竹中能够敏捷若猿猴,而且搏斗时也极为勇猛,因此常常能够成功地对日军进行偷袭。日军在遭到打击后,士气沮丧,西乡不得不率军退踞龟山。
1874年6月中旬,沈葆桢、潘霨抵达台湾。这时西乡正在龟山修造都督府,而且还有一艘轮船刚从日本开到台湾,船上除日军两百人、妇女十余人外,还载有酒米铁器农具等以及各种树苗、花草数百种。轮船在停泊于龟山下的港口后,日本人即将树苗、花草分植各处,种种迹象显示,他们是试图在台湾的土地上屯垦久居,从此赖着不走了。
在与西乡交涉退兵无果的情况下,沈葆桢向朝廷请求调拨“洋枪队”赴台备战,鉴于之前李鸿章已主动答应抽调淮军,他同时也向李鸿章紧急求援。朝廷迅速批复了沈葆桢的奏请,两天后,李鸿章也统筹全局,拿出了拨兵和退敌的方案。
沈葆桢申请从北洋大臣和南洋大臣处分别调兵。北洋大臣由身任直隶总督的李鸿章兼任,南洋大臣按定制,则由两江总督李宗羲兼任。武毅铭军虽属淮军集团,但作为防军,已在两江总督管辖范围之内。李鸿章就此与李宗羲往返函商,李宗羲和江苏巡抚张树声强调江防,他们觉得武毅铭军一走,江防必然空虚,于是先不同意将武毅铭军调往台湾,后又想留三营在徐州。李鸿章反复劝说他们顾全大局,并以狮子搏象打比方:“(武毅铭军)步队十三营必须全去,狮子搏兔都需用全力,何况搏象呢?”李宗羲曾为曾国藩的幕僚,张树声更是李鸿章的老部下,在李鸿章讲清楚利害得失后,两人也就不敢再强留武毅铭军了。
在李鸿章看来,中日交涉极可能是一个“持久之局”,则中方亦应以“持久之局”应之。他主张在中国水陆军力大集,做好充分防备后,充分利用日军遭族人抵抗,进退不得的有利形势,与其旷日持久,静以待之,为此在武毅铭军出发前,他密饬统将唐定奎,嘱咐其率部到台后不要急躁和唐突,如果西乡没有动静,就不要急着先发动攻击。与此同时,李鸿章还要唐定奎联络台民,招抚“生番”(住在山中的族人),以造成众志成城的局面,他预计这样一来,日军必不敢妄动,时延日迁,见无机可乘,便只能败兴而返,如此,台案便可望得到和平解决。
武毅铭军步队十三营所持qiangzhi,也是已显落后过时的前膛枪。为了改善武毅铭军的装备,使其在与日军对阵时不致吃亏,李鸿章特地先在上海购买了五百六十杆士乃得枪,发给他们应急。这时沈葆桢也打算购买一万五千支林明敦枪及十尊飞轮炮(一种西洋火炮),李鸿章得知后,马上便函提醒沈葆桢,让他酌拨一些给武毅铭军。
李鸿章是做好在台湾打持久战准备的,所以他对台湾的军火储存非常关注,沈葆桢初抵台湾,他就答应沈葆桢,将由宁局(即金陵机器局)仿造的二十尊法国小钢炮运台,并说这种小钢炮宁局制造了不少,以后需要,还可继续调用,同时同意向台湾调拨十万斤火药。在武毅铭军开拔前,李鸿章又令津沪各局(江南制造总局、金陵机器局等)将现存的炮械军火,陆续解济台湾,保障在岛清军的军火供应。