天津谈判无果而终。见李鸿章表现出了强硬的主战立场,柳原决定绕开他,直接进京与总理衙门进行交涉。
与李鸿章、沈葆桢等力主备战退敌不同,总理衙门的态度已经明显软化,其中一个重要原因就是,中国西北也正面临沙俄的入侵,俄国不但直接出兵占领了新疆伊犁,而且还支持阿古柏侵扰整个新疆。相对于抵御沙俄的侵袭,总理衙门对于中日之战更无信心,领班总理衙门之首的恭亲王奕?认为,中国的洋务运动虽持续有年,但只是有其名而无其实,真和日本打起来,难有胜算。他向海关总税务司赫德征询意见,赫德的看法也是“中国敌不过日本”。
日本拥有两艘铁甲船这件事,尤其让奕?深以为忧,由此得出了“设防恐不足恃”,也就是备战恐无法退敌的结论。他和文祥等总理衙门大臣进一步分析,若中日在台湾交战,不但台湾可能守不住,大陆的滨海沿江也将面临日军的威胁和攻击,如此处处都须设防,处处还都防不住。
李鸿章在得知总理衙门的态度和顾虑后,很不以为然。他指出,中国大陆的沿江沿海多已辟为通商口岸,日本要是敢于攻击中国大陆,侵扰各口岸,势必会给西方各国的经济造成巨大损失,西方各国能不出面干涉吗?日本就怕得罪西方大国,必不敢轻于一试。
从后来所披露的日方资料来看,李鸿章的这一判断是完全正确的,实有洞见之明,但总理衙门坚持己见,李鸿章对此也只有徒呼奈何,毫无办法。
尽管如此,主战派仍继续按其计划行事,武毅铭军乘坐轮船,从吴淞口出发,两天两夜便赶到台湾,1874年8月14日夜,唐定奎率四营冒雨首先登陆台湾,随后其余各营也陆续抵达,他们入台后即扎营操练,军容甚盛,全台人心为之大定。西乡也很是不安,先后派翻译等前往打探,想弄清楚中国调这么多精兵来台,究竟意欲何为,是不是要跟他干仗了。
武毅铭军入台,让沈葆桢吃了颗定心丸,在李鸿章的支持下,他在台湾前线发愤为雄,积极设防备战,并派专人联络以漳州、厦门、泉州为籍贯的台民,组织团练,又招抚“生番”,从而使得台湾的防务力量大增,侵台日军则为之气慑。
这时侵台日军也已增至四五千人,但因水土不服,医疗卫生条件较差,导致军中疾疫流行,开始是每天病死四五人,后来每天要病死八九人。据统计,在整个台湾事件期间,日军大约死亡了六百余人,战死的反而很少,基本是染疾而死。不过在台清军其实也面临着同样的问题,武毅铭军所驻扎的凤山一带瘟疫流行,营中将士得病的很多,有的甚至一病不起。所以在这方面,双方都不能占到太多便宜,基本处于势均力敌、谁都不敢抢先开火的局面。
在此期间,中国的西北局势愈显严峻,新疆已几乎全部丧失,新疆乃西北要塞,自然要力争收复,志在西北的左宗棠也极力请战,但大清国的财政状况却不允许它同时打赢两场战争。总理衙门希望台案能够赶快结案,以便掉头西顾,然而与柳原的谈判已达一月之久,却仍毫无结果,大臣们如坐针毡。
李鸿章原本坚持己见,但面对朝廷所陷入的困境,也不能不产生动摇。柳原在与总理衙门谈判时,一口咬定台湾“番地”非中国管辖范围,既不认错,也不退兵,其关注点主要还是集中于“占地、贴费”。占地是中方坚决不能同意的,文祥提出将琅桥开放为通商口岸,允许日本在台湾通商,以此了结台案。